Il avait été nommé en 1964 Professeur titulaire de la chaire de Zoologie de l’Université de Bourgogne après avoir été Directeur du Centre d’enseignement supérieur d’Abidjan (future Université d’Abidjan) de 1959 à 1963. Reconnu comme l’un des plus grands spécialistes mondiaux des termites, il a commencé sa carrière dans l’Enseignement supérieur à l’Université de Paris. Son activité scientifique a été particulièrement longue et féconde, riche de plus de 150 publications internationales et de très nombreuses participations à des congrès internationaux. Sa première publication scientifique, co-signée avec le Professeur P.-P. Grassé, date de 1945, et sa dernière contribution est parue en 2001. L’Union Internationale pour l’Etude des Insectes Sociaux a rendu hommage à sa grande influence scientifique et à son rayonnement intellectuel en organisant en son honneur un Colloque international à Dijon en septembre 2000.

Dès son arrivée à Dijon, il a su développer et réactualiser, avec l’aide de son épouse Cécile Noirot-Timothée, une Zoologie approfondie par les données nouvelles de la microscopie électronique et  de la cytochimie. En 1970, il a obtenu l’association de son laboratoire au CNRS, qui a conduit à la création d’une vingtaine de postes de chercheurs et techniciens CNRS et qui a permis le développement de l’un des laboratoires de Cytologie et Physiologie des Insectes les plus importants de France. Très conscient de l’évolution rapide de la biologie, il a su proposer à l’Université de Bourgogne, un enseignement moderne en créant en 1986, avec le Professeur Padieu de la Faculté de Médecine de Dijon, et le Professeur Adessi de l’Université de Besançon, le DEA de Biochimie, Biologie Cellulaire et Moléculaire, et initier des recherches en biologie moléculaire, biochimie et écologie chimique. Ainsi, plusieurs dizaines de chercheurs et d’enseignants-chercheurs ayant essaimé dans bon nombre d’Universités ou de grands organismes de recherche, sont issus de ce DEA de l’Université de Bourgogne. Charles Noirot laisse à tous ses élèves et collègues le souvenir d’un grand chercheur et d’un enseignant aussi passionné que passionnant, alliant une culture scientifique exceptionnelle à une grande rigueur de pensée qu’il transmettait avec générosité et dans une constante humilité intellectuelle.