La détermination d’un gène type pour tous les champignons va faciliter les analyses de biodiversité à large échelle.

Le 17 avril 2012 est paru dans la revue internationale « Proceedings of the Academy of the Sciences of the USA » (PNAS) un article avec le titre « Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for Fungi« .

Ce travail dirigé par le Dr. Conrad Schoch du National Center for Biotechnology Information (USA) est le fruit du travail d’un consortium de chercheurs mycologistes, le « Fungal Barcoding Consortium » de près de 160 scientifiques de 74 laboratoires (25 pays) différents dont deux laboratoires français : le Muséum National d’Histoire Naturelle à Paris et l’UMR 1347 Agroécologie (INRA/AgroSup/Université de Bourgogne) de Dijon.
Ce travail a permis de déterminer un gène type pour l’identification moléculaire standardisée à très large échelle (« barcoding ») des champignons. Des efforts similaires avaient déjà été entrepris pour les animaux et les plantes, pour lesquels on avait choisi d’autres gènes. Le « barcoding » va permettre d’analyser facilement la biodiversité des organismes en déterminant des séquences de l’ADN présentes: on peut imaginer que dans un avenir proche de telles méthodes vont permettre de dénombrer et d’identifier automatiquement l’ensemble des espèces présentes dans un habitat donné. Une telle approche est particulièrement utile pour les champignons, parce qu’ils se développent pour la plus grande partie de leur vie sous forme de filaments microscopiques, cachés dans le sol ou dans d’autres substrats.

Les participants de Dijon, le Pr. Dirk Redecker et le Dr. Herbert Stockinger sont des spécialistes d’un groupe de champignons, les Gloméromycètes, qui font des associations bénéfiques avec des plantes, les mycorhizes. Les mycorhizes sont extrêmement importantes pour la croissance des plantes parce qu’elles améliorent la nutrition minérale de leurs plantes-hôtes. La contribution de ces deux chercheurs à lʼétude, a été la production de séquences d’ADN de champignons du groupe des Gloméromycètes; groupe qui ne comporte que 200 espèces connues et ainsi ne représente qu’une rélativement petite partie de la diversité des champignons. Néansmoins, pour les chercheurs dijonnais, il était essentiel de contribuer à cette forte avancée pour la communauté mycologique.

Les séquences d’ADN de souches fongiques ont été fournies par les experts en mycologie. Les travaux du groupe de recherche au sein de l’UMR Agroécologie (antérieurement au sein des UMRs Microbiologie du Sol et de l’Environnement et Plante-Microbe-Environnement) ont été soutenus par le Fonds National de Recherche Suisse et le Conseil Régional de Bourgogne.

Contact:
Dirk REDECKER Professeur, Université de Bourgogne
UMR 1347 Agroécologie, AgroSup/INRA/uB
Pôle Interactions Plantes-Microorganismes – ERL CNRS
6300 BP 86510, 17 rue Sully, 21065 Dijon cedex, France
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